Muškátová šalvěj obsahuje vonné silice, pro které se pěstuje nejen na zahradách, ale i na polích. Dříve se hojně využívala i v léčitelství, dnes v této oblasti přenechala místo své příbuzné, šalvěji lékařské. Zato se jedná o oblíbenou ingredienci pánských parfémů a vod po holení.
