Celer bulvový má dlouhou vegetační dobu (cca 140 dnů) a jeho bulvy dorůstají až na podzim. V záhonu by měly tudíž zůstat co nejdéle, nesnášejí však mráz. Sklízí se proto v říjnu. Více než kalendářem se při sklizni ale řiďte aktuálním počasím. Pro snazší sklizeň je totiž nejlepší sušší půda, která jde od bulev snadno oddrolit.
Z bulev odstraňte listy, srdéčko ponechte
Z kořenové zeleniny se celer bulvový sklízí jako první, protože bulvy se nacházejí částečně nad povrchem půdy, a případný mráz je tak ohrožuje nejvíce. Ke sklizni použijte rýč nebo rycí vidle, nikdy bulvy nevytahujte z půdy jen tahem za listy.
Z vyrytých bulev oddrolte půdu a bulvy roztřiďte na velké, zdravé a nepoškozené, které uskladníte, a drobné či poškozené, které co nejdříve zpracujete. Z bulev k uskladnění olámejte nebo ukruťte vnější listy, ponechte jen srdéčko s těmi nejmladšími. Listy odstraňujte ručně, nepoužívejte k tomu nůž nebo nůžky. Těmi však můžete zkrátit kořeny bulev – doporučuje se na 2–4 cm.
V písku nebudou bulvy celeru vysychat
Nejlepší způsob uskladnění bulev celeru je jejich uložení do vlhkého písku. Připravte si proto neděravé bedničky (spíš nižší než vyšší) a nasypte do nich vrstvu čistého písku. Do něj postavte bulvy tak, aby se navzájem nedotýkaly a v písku byla umístěna jen spodní třetina bulev.
Sklep ke skladování celeru by měl být vlhčí s teplotou do 5 °C. Písek v bedýnkách udržujte stále mírně vlhký – při odběru bulev (řiďte se při něm stavem srdéček – uvadající spotřebujte dříve) nebo při kontrole jejich zdravotního stavu ho můžete jemně vlhčit (neměl by být ale mokrý). Díky vlhkému písku bulvy celeru nevysychají a vydrží ve sklepě až do jara.